Huit fromages fabriqués dans la même fromagerie alpine du Valais ont permis à des chercheurs de suivre 142 ans d’évolution microbienne, de 1875 à 2017. L’étude, publiée dans la revue Current Biology, montre comment la modernisation de la production a transformé les bactéries et les virus présents dans la raclette.
L’équipe internationale dirigée par Agroscope a utilisé le séquençage métagénomique et l’analyse de l’ARN ribosomal 16S. Le fromage le plus ancien présentait une communauté bactérienne nettement différente de celle des échantillons modernes, avec davantage de microorganismes issus de l’environnement et plusieurs espèces désormais absentes.
Les chercheurs observent ensuite une montée des bactéries sélectionnées pour lancer et contrôler la fermentation. Ces cultures permettent d’acidifier le lait plus régulièrement, de stabiliser la fabrication et de limiter le développement de microorganismes indésirables.
Les fromages les plus récents contiennent ainsi beaucoup moins de bactéries potentiellement pathogènes. Cette évolution coïncide avec l’amélioration de l’hygiène, la standardisation des pratiques et l’emploi de cultures de départ, sans signifier que tous les effets observés reposent sur une seule cause.
L’étude relève aussi une variation des gènes associés à la résistance aux antibiotiques. Leur présence augmente dans les échantillons de la seconde moitié du XXe siècle, atteint un sommet autour de 1975 puis diminue dans les fromages plus récents. Les auteurs rapprochent cette trajectoire de l’usage historique des antibiotiques en élevage et de son encadrement progressif.
La série d’échantillons existe grâce à une tradition du Val d’Anniviers. Des familles conservaient des meules pendant des années ou des décennies afin de les servir lors de banquets funéraires. Les fromages étudiés, produits au même endroit, forment ainsi une archive continue qu’il est presque impossible de reconstituer avec des découvertes archéologiques isolées.
Les analyses ont également retrouvé dans la meule de 1875 des bactéries lactiques toujours connues aujourd’hui et des bactériophages comparables à ceux des fromageries modernes. Certaines espèces anciennes pourraient avoir contribué à la stabilité de la fermentation, mais leur rôle précis reste à démontrer expérimentalement.
Les auteurs envisagent désormais de reproduire certaines conditions historiques de fabrication. L’objectif serait de comprendre plus finement comment les pratiques humaines, les animaux et l’environnement ont façonné les écosystèmes microbiens des aliments fermentés.
